Trong trận đấu giữa Milan và Barca ngày 12/3/2013, Puyol được tung vào sân ở phút 77. Mặc dù chỉ đá khoảng 15 phút cuối nhưng ngay khi trận đấu kết thúc, Puyol phàn nàn rằng anh bị đau ở đầu gối.

Buổi kiểm tra y tế sau đó cho kết luận Puyol đã bị tái phát chấn thương đầu gối. Chấn thương này khiến anh phải vắng mặt trong 45 ngày. Dù vậy không may cho ngôi sao người TBN, bởi anh mất nhiều thời gian để bình phục hơn dự kiến. Thậm chí, hôm 19/6 tới Puyol còn phải trải qua cuộc phẫu thuật để chữa trị dứt điểm. 

Tuy nhiên, Barca vừa nhận tin vui khi Sport.es cho biết chấn thương của Puyol đang phục hồi tốt và anh sẽ trở lại tập luyện cùng đồng đội vào thứ Tư tuần sau. Ngày 14/9, Barca  sẽ có trận đấu khó khăn với Sevilla ở La Liga. Sau đó 4 ngày, họ sẽ gặp Ajax ở Champions League. HLV Tito Martino nhiều khả năng sẽ không vội sử dụng Puyol ở 2 trận đấu này. Đến ngày 21/9, khi Barca đụng độ đối thủ ngon ăn là Vallecano, rất có thể đây sẽ là dịp Puyol chính thức trở lại sân cỏ sau 6 tháng ngồi chơi xơi nước.

Việc Puyol bình phục là tin rất mừng cho Barca, nhất là khi hàng thủ của họ chơi rất hớ hênh ở trận thắng Valencia 3-2 cuối tuần trước. Mùa Hè vừa qua, HLV Martino không mua thêm trung vệ nào và nó cho thấy sự kỳ vọng vào Puyol là cực lớn.