Vòng loại U23 châu Á có sự góp mặt của 43 đội tuyển và được phân chia thành 2 khu vực với 10 bảng đấu. Mỗi bảng đấu sẽ có 1 đội bóng đóng vai trò chủ nhà đăng cai tổ chức các trận. Khu vực phía Tây gồm 23 đội thuộc Tây Á, Nam Á, Trung Á và sẽ chia ra làm 5 bảng. Trong đó, 3 bảng đấu có sự hiện diện của 5 đội, 2 bảng còn lại có 4 đội.

Tương tự, ở khu vực phía Đông, 20 đội bóng thuộc Đông Á và Đông Nam Á sẽ chia đều ra làm 5 bảng. Tại vòng loại lần này, U23 Việt Nam nằm ở bảng I cùng với các đội Nhật Bản, Malaysia và Macau.

Theo quy định của vòng loại U23 châu Á 2016, 10 đội bóng nhất bảng và 5 đội nhì bảng có thành tích tốt nhất sẽ cùng chủ nhà Qatar tranh tài ở VCK U23 châu Á. 3 đội xuất sắc nhất ở VCK sẽ tiếp tục giành vé góp mặt ở Olympic Rio 2016 (Brazil). 

Về việc phân hạng các đội bóng trong bảng tại vòng loại lần này, Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) có quy định như sau: 

- Đội bóng nào có điểm số cao hơn (thắng 1 trận được 3 điểm, hòa 1 trận được 1 điểm và thua thì 0 điểm)

- Nếu hai hoặc nhiều đội có điểm số bằng nhau, phân loại theo thứ tự tính từ trên xuống như sau:

1. Thành tích đối đầu giữa các đội có liên quan (tương đương điểm số ở các trận giữa các đội bằng điểm)

2. Hiệu số bàn thắng bại giữa các đội có liên quan.

3. Tổng số bàn thắng ghi được giữa các đội có liên quan.

4.  Nếu như xét những tiêu chí trên mà vẫn còn 2 hoặc nhiều đội chưa xác định được thứ hạng thì, tiếp tục phân định lặp lại như thế. Nếu vẫn chưa phân định được thì áp dụng các tiêu chí bên dưới:

5. Hiệu số bàn thắng bại ở bảng đấu.

6. Số bàn thắng ở bảng đấu.

7. Giải quyết trên chấm phạt đền (nếu chỉ có 2 đội bóng thuộc diện xét và cả hai đội đều có trên sân để đá penalty).

8. Căn cứ vào số thẻ vàng và thẻ đỏ mà đội bóng đó phải nhận (1 điểm ứng với 1 thẻ vàng, 3 điểm với 1 thẻ đỏ hoặc 2 thẻ vàng, 3 điểm với 1 thẻ đỏ trực tiếp, 4 điểm với 1 thẻ vàng ngay sau khi đội đó có cầu thủ lĩnh thẻ đỏ trực tiếp). Đội nào có số điểm thẻ phạt nhiều hơn sẽ bị xếp hạng thấp hơn.

9. Bốc thăm 

Quan trọng hơn, sẽ chỉ có 5 đội nhì bảng có thành tích tốt nhất giành vé vào VCK. Thể thức so sánh thành tích các đội nhì bảng tại vòng loại U23 châu Á theo thứ tự tính từ trên xuống như sau: 

+ Thứ nhất, xét điểm số mà các đội này có được sau khi kết thúc các trận vòng loại tại bảng thi đấu;

+ Thứ 2 là hiệu số bàn thắng bại trong bảng đấu

+ Thứ 3, số bàn thắng ghi được trong bảng đấu

+ Thứ 4, số chiến thắng có được trong bảng đấu

+ Nếu trong trường hợp cả 4 hạng mục trên vẫn chưa thể phân định được thì sẽ căn cứ vào số thẻ vàng và thẻ đỏ mà đội bóng đó phải nhận (1 điểm ứng với 1 thẻ vàng, 3 điểm với 1 thẻ đỏ hoặc 2 thẻ vàng, 3 điểm với 1 thẻ đỏ trực tiếp, 4 điểm với 1 thẻ vàng ngay sau khi đội đó có cầu thủ lĩnh thẻ đỏ trực tiếp). Đội nào có số điểm thẻ phạt nhiều hơn sẽ bị xếp hạng thấp hơn. 

+ Nếu cả 5 phương án trên vẫn chưa thể chọn ra 5 đội có thành tích tốt nhất thì sẽ tiến hành bốc thăm.

Cần phải nói thêm, với những bảng đấu có sự hiện diện của 5 đội thì kết quả của đội nhì bảng với đội cuối bảng đó sẽ không được tính, nhằm đảm bảo tính công bằng với các bảng chỉ có 4 đội.