Sau bài phát biểu khai mạc của quyền Chủ tịch VFF Lê Hùng Dũng, Hội nghị lần thứ 16 đã thông qua BCH dự kiện chương trình làm việc của Đại hội thường niên VFF 2013. Bên cạnh đó, Hội nghị đã thông qua đề xuất danh sách dự kiến Chủ tịch đoàn trình Đại hội thường niên năm 2013. Đồng thời, Hội nghị BCH đã thông qua kế hoạch tài chính năm 2014.

Mặt khác, Hội nghị đã đi đến quyết định về việc sẽ đầu tư cho ĐT nữ Việt Nam, ĐT U19 Việt Nam thi đấu thành công trong các giải đấu sắp tới. Một nội dung quan trọng nữa là Hội nghị đã thỏa luận về việc giảm số lượng ngoại binh ở các CLB tại V-League, hạng Nhất.