Mùa giải 2012, CLB Hà Nội bất ngờ giành quyền thăng hạng. Tuy nhiên, do cùng thuộc sở hữu của Công ty cổ phần thể thao T&T với CLB Hà Nội T&T, đội bóng này không được dự V.League 2013. 

Sau khi được chuyển giao cho Công ty cổ phần nhựa Quang Huy, CLB Hà Nội trải qua một mùa giải đầy biến động. Không còn HLV Hoàng Văn Phúc trên băng ghế chỉ đạo, đội bóng Thủ đô rơi vào khủng hoảng, phải đua trụ hạng dù có đội hình chất lượng với không ít cầu thủ từng ăn cơm tuyển như Đại Đồng, Huy Hùng, Xuân Hùng...

Phải đến vòng đấu cuối cùng, đội bóng khi đó được dẫn dắt bởi HLV Trương Việt Hoàng mới trụ hạng thành công nhờ chiến thắng nghẹt thở 1-0 trên sân nhà trước TDC Bình Dương.

CLB Hà Nội chỉ thực sự trở lại với những ngày tháng tươi đẹp khi được chuyển giao sang cho Công ty cổ phần phát triển bóng đá Hà Nội. Chủ tịch Nguyễn Giang Đông đã làm hồi sinh đội bóng. Mùa giải 2014, họ tham dự vào cuộc đua tranh vé lên chơi V.League và chỉ tuột tay ở vòng đấu cuối cùng khi thất bại trên sân của Đồng Tháp. 

Nhưng rồi cũng chỉ mất thêm đúng một năm, đội bóng của Thủ đô đã hoàn thành được giấc mơ còn dang dở là được chinh chiến ở đấu trường V.League, sân chơi danh giá nhất của bóng đá Việt Nam.

Mùa giải 2015, CLB Hà Nội thi đấu cực kỳ ấn tượng. Tính tới thời điểm hiện tại, họ mới chỉ để thua 2 trận trong tổng số 13 trận. Sau trận hoà 0-0 trên sân Thống Nhất tuần trước TP.HCM, đội bóng Thủ đô đã nâng khoảng cách với đối thủ bám đuổi là Huế lên 6 điểm, giành chức vô địch cùng tấm vé lên chơi V.League sớm một vòng đấu. 

“Những nỗ lực của toàn đội đã được đền đáp. Chúng tôi hoàn toàn xứng đáng với tấm vé lên chơi V.League 2016”, ông chủ tịch CLB Nguyễn Giang Đông hồ hởi chia sẻ.

Ông Đông cũng khẳng định sẽ không có chuyện CLB Hà Nội lỡ V.League như trước thềm mùa giải 2013 bởi hiện tại đội bóng này không cùng chủ với bất cứ CLB nào đang có mặt tại giải VĐQG Việt Nam.

“Nhiều người hỏi tôi liệu CLB Hà Nội có phải tiếp tục đá Hạng Nhất Quốc gia không khi mà đội bóng có người anh em Hà Nội T&T đang ở V.League rồi. Xin khẳng định CLB Hà Nội thuộc Công ty cổ phần phát triển bóng đá Hà Nội, hoàn toàn tách biệt với Công ty cổ phần thể thao T&T, đơn vị chủ quản của Hà Nội T&T. Không có chuyện CLB Hà Nội và Hà Nội T&T cùng thuộc sở hữu của bầu Hiển nên chúng tôi đủ tư cách dự V.League 2016. Bầu Hiển chỉ là một nhà tài trợ của CLB Hà Nội”, ông Đông nói thêm.

Ngay từ thời điểm hiện tại, CLB Hà Nội đã bắt đầu thực hiện việc chuẩn bị cho mùa chơi V.League đầu tiên năm sau. Họ hứa hẹn sẽ tạo ra trận derby thủ đô hấp dẫn với Hà Nội T&T.