Xung đột giữa Courtois và HLV Tedesco bắt đầu từ loạt trận quốc tế vào tháng 6/2023. Khi Bỉ chạm trán Áo trong trận đấu thuộc vòng loại EURO 2024, Courtois bắt chính nhưng không được HLV Tedesco chọn làm đội trưởng để thay Eden Hazard vừa giải nghệ.
Sau trận đấu, Courtois lấy lý do đau đầu gối, rời trung tâm huấn luyện của ĐTQG. HLV Tedesco nổi giận với thái độ kể trên từ Courtois, quyết định loại thủ môn này ở trận đấu kế tiếp gặp Estonia.
Mùa 2023/24, Courtois chấn thương giai đoạn tiền mùa giải, nhưng trở lại bắt chính 4 trong 5 trận cuối tại La Liga, và trận chung kết Champions League gặp Dortmund. Dù vậy, anh không dự EURO 2024 vì cho rằng chưa đạt thể trạng tốt nhất.
Trong một thông điệp được đưa ra trên trang cá nhân mới đây, Courtois viết: "Tôi cảm nhận rõ tình yêu và lòng tự hào, vinh dự khi được mặc chiếc áo đội tuyển quốc gia. Ngay cả trong giấc mơ hoang đường nhất, tôi cũng không thể tưởng tượng được mình có thể làm được điều đó hơn 100 lần".
"Sau những gì xảy ra (giữa tôi) với HLV và sau nhiều lần suy nghĩ, tôi quyết định không trở lại đội tuyển quốc gia Bỉ dưới sự dẫn dắt của ông ấy. Trong vấn đề này, tôi xin nhận phần trách nhiệm của mình. Nhưng nhìn về tương lai, việc tôi không tin tưởng ông ấy có thể góp phần duy trì bầu không khí thân mật cần thiết cho đội".
Cầu thủ thuộc biên chế Real Madrid cho biết đã có nhiều cuộc thảo luận với LĐBĐ Bỉ (RBFA), và RBFA chấp nhận lập trường cũng như những lý do mà anh đưa ra. Courtois xem việc anh không lên tuyển là quyết định tốt nhất cho tập thể, vì nó kết thúc tranh luận và giúp tuyển Bỉ tập trung cho các mục tiêu tiếp theo.
RBFA "rất tiếc nhưng chấp nhận quyết định của Courtois" và cảm ơn thủ môn này vì "những khoảnh khắc tuyệt vời của anh ấy cho ĐTQG".