Sau khi giã từ bóng đá chuyên nghiệp, Fabregas chuyển sang làm HLV và hiện đang làm trợ lý đội một cho CLB Como tại Serie B. Tuy nhiên, cựu tiền vệ của Arsenal và Barca sẽ lấy giấy phép huấn luyện UEFA Pro trong thời gian tới, giúp ông có thể dẫn dắt một đội bóng tại Premier League.
Ở Hè 2023, Fabregas đã nắm bắt cơ hội để trau dồi thêm kỹ năng huấn luyện bằng cách dành thời gian làm việc ở các đội trẻ của Arsenal. Anh hợp tác chặt chẽ với Jack Wilshere - HLV đội U18 của CLB.
Sự góp mặt này của Fabregas đã làm các fan Arsenal không khỏi phấn khích, và họ nhanh chóng nghĩ đến viễn cảnh cựu tiền vệ tài hoa một thời trở lại Emirates với tư cách HLV. Tuy nhiên, Fabregas lại đặt mục tiêu trở thành HLV trưởng thay vì đảm nhận vai trò trợ lý.
Bày tỏ nguyện vọng, Fabregas nói với Standard Sport: "Bạn không bao giờ biết tương lai sẽ ra sao nhưng tôi muốn trở thành HLV trưởng. Hiện tại, tôi đang làm theo cách riêng của mình. Tham vọng của tôi 100% là một ngày nào đó trở thành HLV trưởng của một CLB hàng đầu ở Premier League, Champions League.
Dù vậy, bạn cần tôn trọng những bước đi đúng đắn. Tôi cảm thấy mình đã sẵn sàng trở thành HLV đội một, nên tôi không muốn tham gia vào những kiểu huấn luyện nhỏ nhặt hoặc làm trợ lý. Tôi có suy nghĩ rất rõ ràng rằng tôi chỉ muốn trở thành HLV trưởng, HLV đội một, và đó là lý do tại sao tôi sẽ làm theo cách riêng cho đến khi sẵn sàng nhảy lên một chuyến tàu lớn.
Nhưng hiện tại, tôi vẫn còn một chặng đường dài để đi. Tôi chỉ mới bắt đầu thôi. Tôi cảm thấy vinh dự vì cơ hội mà Como đã trao cho tôi và tôi rất hạnh phúc ở đây".
Lúc này, CLB Como - nơi Fabregas làm trợ lý HLV - đang xếp thứ 2 ở Serie B 2023/24 và sẽ giành vé thăng hạng lên Serie A mùa tới nếu bảo vệ thành công vị trí này vào cuối mùa giải.