Như thế là mối lương duyên rất được kỳ vọng giữa Eberl, 50 tuổi, với Leipzig nói riêng và tập đoàn Red Bull Group nói chung đã khép lại chỉ sau chưa đầy một năm, chính xác là sau 302 ngày. Eberl được bổ nhiệm vào ngày 1/12/2022 với kỳ vọng sẽ đưa RB Leipzig lên một tầm cao mới sau khi đã tạo ra được rất nhiều những thành tích ấn tượng cùng với M’Gladbach. Tuy nhiên, ngay từ đầu mối quan hệ giữa đôi bên đã tỏ ra có vấn đề.
Vấn đề đầu tiên liên quan tới thời điểm Eberl bắt đầu làm việc. Bản thân ông Eberl muốn nghỉ ngơi ít nhất là cho tới đầu năm 2023 với lý do “kiệt sức”. Tuy nhiên CEO của Leipzig là Oliver Mintzlaff lại thúc giục ông bắt đầu công việc sớm hơn. Rồi trong cuộc phỏng vấn đầu tiên với tư cách mới, Eberl lại nói rất nhiều về bản thân, từ thói quen, sở thích tới sức khỏe thay vì nói về CLB. Điều này đi ngược lại nguyên tắc chung của cả tập đoàn Red Bull là không mang chuyện cá nhân tới chỗ làm.
Quan trọng hơn cả là Eberl và ban lãnh đạo Leipzig sớm mâu thuẫn về đường hướng phát triển. Eberl muốn tạo nên một siêu CLB, và đó là lý do ông đưa về Lois Openda với giá chuyển nhượng tới 49 triệu euro, một con số chưa từng thấy ở Leipzig. Nhưng Leipzig thì vẫn muốn hoạt động theo đường lối cũ, tức là đào tạo và bán ngôi sao. Họ vì thế vẫn bán Josko Gvardiol bất chấp sự phản đối của Eberl.
Ngoài ra, Eberl còn muốn tập trung quyền lực, hoạt động độc lập mà không phải báo cáo với ai. Với RB Leipzig thì đó cũng là điều khó chấp nhận.