Trước đó, theo thông báo của BTC SEA Games, việc phân loại nhóm hạt giống được căn cứ theo thành tích thi đấu tại SEA Games 29. Tuy nhiên, việc chia nhóm đã có sự nhầm lẫn về điểm số của U22 Việt Nam và U22 Singapore. 

Cụ thể, U22 Việt Nam giành được tổng cộng 10 điểm sau 5 trận đấu tại bảng B (gồm 6 đội) và U22 Singapore được 6 điểm sau 4 trận đấu tại bảng A (gồm 5 đội). Theo cách so sánh thành tích đang được FIFA và AFC áp dụng trong trường hợp các bảng có số đội không đồng đều, U22 Việt Nam còn lại 7 điểm sau khi trừ kết quả của trận đấu với đội xếp cuối bảng và như vậy vẫn xếp trên U22 Singapore.

Với mục đích tham gia đóng góp ý kiến mang tính xây dựng vì thành công chung của Đại hội thể thao Đông Nam Á, LĐBĐVN (VFF) đã có văn bản gửi Uỷ ban Olympic Việt Nam đề nghị có ý kiến với BTC SEA Games 30, sửa lại cho đúng các vấn đề liên quan đến kỹ thuật trong phân loại nhóm hạt giống môn bóng đá nam. Cụ thể, U22 Việt Nam phải nằm ở nhóm hạt giống số 2 cùng với U22 Myanmar và U22 Singapore phải chuyển xuống nhóm hạt giống số 3.

Sau khi tiếp nhận ý kiến đề xuất từ phía Việt Nam, BTC SEA Games 30 đã tiến hành kiểm tra lại kết quả chia nhóm hạt giống và sau đó có văn bản thông báo chấp thuận với đề nghị của Việt Nam. Với quyết định này của BTC SEA Games 30, các nhóm hạt giống môn bóng đá nam được xác định như sau: 

1/Chủ nhà Philippines và ĐKVĐ Thái Lan được mặc định ở vị trí A1 và B1. 

2/Phân loại hạt giống để bốc thăm vào 2 bảng A và B: Nhóm hạt giống số 1 gồm Malaysia (Huy chương Bạc), Indonesia (Huy chương Đồng). Nhóm hạt giống số 2 gồm Myanmar (hạng Tư), Việt Nam (xếp thứ 3 tại bảng B). 

3/Nhóm hạt giống số 3 gồm Singapore (xếp thứ 3 tại bảng A), Lào (xếp thứ 4 tại bảng A), Brunei (xếp thứ 5 tại bảng A), Timor Leste (xếp thứ 5 tại bảng B), Campuchia (xếp thứ 6 tại bảng B).

Thời điểm tiến hành bốc thăm chia bảng môn bóng đá nam SEA Games 30 sẽ được BTC thông báo sau.