Trên tình bạn, dưới tình yêu với đàn anh 

Vào năm 2023, Neuer đã phải ngồi ngoài một thời gian dài do chấn thương nặng khi đi trượt tuyết. Đó cũng là thời điểm HLV thủ môn Toni Tapalovic bị Bayern sa thải. Quyết định của Hùm xám đã khiến Neuer rất tức giận vì anh có mối quan hệ rất thân thiết với HLV Tapalovic.

"Đó là một cú sốc lớn đối với tôi. Nó xảy ra rất bất ngờ và cũng là cú sốc đối với HLV Toni. Tôi không hiểu chuyện gì đã xảy ra. Đây có lẽ là điều tàn bạo nhất mà tôi từng trải qua trong sự nghiệp của mình, như thể ai đó đã xé nát một phần trái tim tôi", Neuer chia sẻ sau khi biết tin người thầy gắn bó lâu năm bị sa thải.

Nguyên nhân chính khiến Tapalovic bị sa thải được cho là vì ông đã tiết lộ nội dung các cuộc họp của BHL cho Neuer biết. Ngoài ra, Bayern cho rằng Tapalovic chỉ quan tâm đến Neuer mà không chăm sóc các thủ môn trẻ một cách công bằng. Neuer đã lên tiếng trên truyền thông trách móc BLĐ Hùm xám vì sa thải Tapalovic.

Hành vi đó khiến giám đốc điều hành Oliver Kahn không hài lòng. Với tư cách là đội trưởng Bayern, Neuer không nên chỉ trích CLB một cách công khai. Kahn cho rằng, việc Tapalovic rời đi chỉ ảnh hưởng nặng nề đến bản thân Neuer, anh không thể để cảm xúc cá nhân lấn át mục tiêu của tập thể. Truyền thông Đức đưa tin, Kahn đã nói chuyện riêng với Neuer và tước băng đội trưởng của anh, đồng thời phạt 1,6 triệu euro.

Tapalovic và Neuer đã biết nhau từ lâu. Khi Neuer mới lên đội một ở Schalke, anh đã quen biết thủ môn đàn anh Tapalovic khi đó mới 32 tuổi. Mùa hè năm 2011, Neuer gia nhập Bayern thì chỉ 1 tháng sau, HLV Tapalovic cũng ký hợp đồng với Hùm xám. Chính Neuer là người đề nghị Bayern chiêu mộ Tapalovic để hỗ trợ mình. Hai thầy trò "đồng cam cộng khổ" trong hơn 1 thập kỉ ở đội bóng vùng Bavaria. Thậm chí, Tapalovic còn là phù rể của Neuer trong đám cưới của anh với bạn gái Nina Weiss diễn ra năm 2017.

Bởi vậy nên dễ hiểu khi Tapalovic ra đi, Neuer mới bức xúc, giận dữ với BLĐ của Bayern. Nhưng mọi việc không dừng ở đó. Các phương tiện truyền thông Đức còn tiết lộ, tình cảm giữa Neuer và Tapalovic ở trên mức bạn bè. Những tin nhắn được cho là của hai người được lan truyền nhanh chóng trên mạng xã hội. Độ chính xác của những đoạn tin nhắn đó không được xác minh, nhưng tờ BILD khẳng định, Neuer có quan hệ tình cảm với HLV người Croatia. Đồn đoán này càng được củng cố khi Neuer kết hôn với vợ Nina Weiss từ năm 2017 đến 2020 nhưng cặp đôi không có con. Sau khi ly hôn với Weiss, anh hẹn hò với Anika Bissel nhưng đến nay cũng chưa có con đầu lòng. Trong khi đó, Neuer và Tapalovic thì cứ song hành như hình với bóng. Họ thậm chí từng bị bắt gặp tình tứ trên bờ biển

Những hoạt động ủng hộ LGBT

Neuer không ít lần từng lên tiếng ủng hộ cộng đồng LGBT và khuyến khích các cầu thủ thừa nhận con người thật của mình. Vào năm 2011, Neuer nói trên tạp chí Bunte: "Người đồng tính nên nói ra sự thật, nó giảm bớt áp lực cho bản thân họ và người hâm mộ sẽ nhanh chóng làm quen với điều đó. Quan trọng là màn trình diễn của cầu thủ chứ không phải xu hướng tính dục của anh ấy".

Ở World Cup 2022, để phản đối luật của chủ nhà Qatar về việc cấm quan hệ đồng giới, nhiều đội bóng ở châu Âu đã sử dụng băng thủ quân "One Love", trong đó có ĐT Đức. Đây là thiết kế có trái tim cầu vồng, được bao quanh bởi dòng chữ "One Love", nhằm phản đối sự phân biệt đối xử dựa trên chủng tộc, màu da, khuynh hướng tình dục, văn hóa... BTC World Cup khẳng định sẽ chào đón tất cả khán giả, bất kể khuynh hướng tình dục hay xuất thân ra sao. Do đó, FIFA ban lệnh cấm các thủ quân đeo băng One Love, nếu ai cố tình vi phạm sẽ phải nhận thẻ vàng. Giữa tình hình căng thẳng đó, Neuer với tư cách là đội trưởng của tuyển Đức khẳng định vẫn sẽ đeo băng thủ quân One Love. "Chúng tôi nhận được sự ủng hộ từ LĐBĐ Đức. Tôi không sợ hậu quả".

Sau đó, Neuer vẫn phải đổi băng thủ quân trước những cảnh cáo từ FIFA. Nhưng anh cùng các cầu thủ tuyển Đức đã dùng tay che miệng trước trận gặp Nhật Bản như một cách thể hiện sự phản đối với FIFA. Neuer cũng đã gặp chút rắc rối với những phát biểu của mình. Một tạp chí ở Nam Mỹ đã dịch nhầm câu nói của Neuer và cho rằng anh là người đồng tính, gây ra rất nhiều bối rối cho người hâm mộ. Những thông tin trái chiều về giới tính của Neuer chưa một lần được xác thực và có lẽ sẽ giống như Urban, sự thật chỉ được công khai ở ngày Neuer giải nghệ.