Tháng 10/2010, Rooney gây chấn động khi công khai mong muốn rời Old Trafford. Quyết định này xuất phát từ việc anh nghi ngờ về hướng đi của đội bóng sau khi MU không thể bảo vệ chức vô địch Premier League mùa giải trước đó.
Trước đó một năm, MU đã mất Cristiano Ronaldo và Carlos Tevez. Rooney thông báo với Giám đốc điều hành David Gill rằng anh sẽ không ký hợp đồng mới và muốn chuyển đến thi đấu ở một nơi khác.
Huyền thoại của ĐT Anh bị Sir Alex Ferguson cáo buộc thiếu tôn trọng CLB. Rooney còn cho biết một số đồng đội không hài lòng với mong muốn ra đi của anh.
Trên chương trình The Overlap cùng Gary Neville, Rooney tiết lộ anh bị Paul Scholes phạm lỗi "thô bạo" ngay sau khi nộp đơn xin chuyển nhượng. Thậm chí, Rooney còn đùa rằng có thể Sir Alex đã "dặn" Scholes làm vậy.
"Bạn muốn giành chiến thắng trong các trận tập thứ Sáu, nhưng một số pha vào bóng thật kinh khủng", Rooney chia sẻ. "Ông ấy (Sir Alex Ferguson) thường dừng trận đấu và bắt chúng tôi thi đấu nghiêm túc hơn. Scholesy (Paul Scholes) khiến tôi chấn thương ngay trước một trận đấu".
"Đó là ngày HLV trưởng tổ chức họp báo sau khi tôi muốn ra đi, vì vậy tôi khá chắc ông ấy đã nói gì đó với Scholes trước buổi tập. Không, tôi chỉ đùa thôi".
Chỉ hai ngày sau khi tuyên bố muốn rời đi, Rooney bất ngờ đổi ý và ký hợp đồng mới có thời hạn 5 năm. Anh cam kết lấy lại niềm tin từ người hâm mộ MU.
Tuy nhiên, chấn thương từ pha vào bóng của Scholes khiến Rooney phải nghỉ thi đấu thêm một tháng. Anh chỉ có thể trở lại thi đấu vào ngày 20/11 khi vào sân thay người trong chiến thắng 2-0 trước Wigan.
Rooney vượt qua những nghi ngờ về tương lai để cùng MU đăng quang Premier League mùa giải đó - danh hiệu thứ 12 dưới thời Sir Alex Ferguson. Quỷ Đỏ cũng lọt vào chung kết Champions League nhưng để thua Barcelona tại Wembley.
Anh tiếp tục gắn bó với MU cho đến năm 2017 và trở thành chân sút vĩ đại nhất lịch sử CLB, vượt qua thành tích của Sir Bobby Charlton. Suốt 13 năm khoác áo Quỷ Đỏ, Rooney đã ghi được 253 bàn thắng trong 559 trận đấu. Anh cùng đội bóng giành được mọi danh hiệu cao quý, bao gồm 5 chức vô địch Premier League, 4 Cúp Liên đoàn và 1 Champions League.