Lopetegui được cho là có mâu thuẫn với BLĐ Wolves về vấn đề chuyển nhượng. Theo đó, trong cả mùa Hè, Wolves chỉ mang về 2 tân binh là thủ môn Tom King và hậu vệ Matt Doherty. Trong đó, Doherty trở lại "mái nhà xưa" theo dạng CNTD. Tình hình tệ hơn khi Wolves để những ngôi sao như Raul Jimenez, Ruben Neves, Conor Coady và Nathan Collins ra đi.
Điều này khiến Lopetegui vô cùng thất vọng và có ý kiến với BLĐ đội bóng. Để rồi sau khi họp bàn thượng tầng, Wolves quyết định chia tay Lopetegui sau 9 tháng hợp tác, bất chấp việc mùa giải mới đã cận kề với đối thủ ở vòng 1 Premier League 2023/24 là MU.
Thông báo của Wolves có đoạn: "Wolves và Julen Lopetegui đã đạt thỏa thuận chia tay, chấm dứt 9 tháng tại vị của nhà cầm quân người Tây Ban Nha trong vai trò HLV trưởng của CLB. Lopetegui gia nhập Wolves vào tháng 11 năm ngoái và xuất sắc giúp CLB trụ hạng. Tuy nhiên, HLV và CLB có những bất đồng về ý kiến ở một vài vấn đề nhất định, do đó đồng ý việc chấm dứt hợp đồng là giải pháp tốt nhất cho cả đôi bên".
Lopetegui chia sẻ: "Tôi chúc Wolves và mọi người ở CLB có nhiều may mắn trong tương lai. Cảm ơn vì đã cho tôi cơ hội được làm việc ở CLB tuyệt vời này".
Nhiều khả năng cựu HLV Bournemouth, Gary O'Neil sẽ được chọn để thay thế Lopetegui. O'Neil thay thế Scott Parker vào đầu mùa trước và giúp Bournemouth trụ hạng thành công. Tuy nhiên, O'Neil vẫn bị sa thải vào tháng 6 vừa qua và bị thay thế bởi Andoni Iraola.