10 năm sau tại SEA Games 1995 cũng diễn ra tại Thái Lan, bóng đá nữ mới lại được đưa vào chương trình thi đấu với 5 đội Thái Lan, Malaysia, Myanmar, Singapore và Philippines và lại là Thái Lan giành HCV.

Việt Nam bắt đầu tham dự bóng đá nữ từ SEA Games 1997 tại Indonesia. Năm ấy có 6 đội tham dự và chia làm 2 bảng. Việt Nam nằm bảng A cùng Thái Lan và Philippines. Việt Nam đã đoạt HCĐ sau khi thắng Indonesia 2-0, trong khi HCV tiếp tục lọt vào tay Thái Lan.

Bốn năm sau tại SEA Games 2001 ở Malaysia, Việt Nam đã lần đầu tiên lên ngôi vô địch khu vực sau khi thắng Thái Lan tới 4-0 ở trận chung kết. 

Sau đó, các cô gái Việt Nam lên ngôi đầu ở 2 kỳ SEA Games liên tiếp sau đó vào các năm 2003 và 2005, bại tướng của ở chung kết cả hai lần đó đều là Myanmar.

SEA Games 2007 tại Korat (Thái Lan), Việt Nam mất HCV về tay chủ nhà Thái Lan sau khi thua 0-2 ở chung kết. 

Tại SEA Games 2009 tại Lào, các nữ cầu thủ nữ Việt Nam đã giành lại chiếc HCV sau khi thắng Thái Lan với tỷ số 3-0 sau loạt luân lưu 11m, sau 2 hiệp chính hoà 0-0.

SEA Games 2013 ở Myanmar, HCV môn bóng đá nữ lại thuộc về Thái Lan sau khi thắng Việt Nam với tỷ số 2-1 ở chung kết.

Có 2 kỳ SEA Games không tổ chức môn bóng đá nữ là vào các năm 2011 và 2015.