Đáng chú ý, trong hầu hết các trận đụng độ các CLB Premier League, Thomas Mueller đều ghi được những bàn thắng quan trọng. Trận chung kết Champions League 2011/12 với Chelsea, chính Mueller mở tỷ số cho Bayern. Chỉ tiếc rằng Hùm xám đã không bảo vệ được lợi thế và gục ngã đau đớn trước Chelsea trên chấm 11m sau đó.
Ở trận lượt đi vòng 1/8 Champions League 2012/13 với Arsenal, cũng chính Mueller góp 1 bàn trong chiến thắng 3-1 của Bayern tại Emirates. Mùa giải năm nay, ở 2 trận vòng bảng gặp Man City, chân sút này cũng đều ghi mỗi trận 1 bàn.
Mueller không được giới chuyên môn đánh giá là mẫu cầu thủ giàu kỹ thuật. Thậm chí, cách chơi bóng của anh còn khá vụng về. Tuy nhiên, điểm mạnh của tiền vệ 24 tuổi này là anh luôn biết cách chọn những vị trí thích hợp nhất để ghi bàn. Mueller có mặt ở mọi điểm nóng trên sân và sẵn sàng đóng vai kẻ kết liễu khi cần.
Mùa giải năm nay, tính trên mọi đấu trường thì Mueller cũng đã có 18 bàn/31 trận trên mọi đấu trường cho Bayern. Chơi hay như thế nhưng ngược đời ở chỗ Mueller vẫn không chắc suất đá chính ở Bayern.